新設法人の消費税とインボイス｜免税期間の条件と登録判断の注意点

資本金が1,000万円未満の新設法人は、設立1期目と2期目は、原則として消費税の納税義務が免除されます。ただし、資本金が1,000万円以上の場合や、特定期間の売上と給与がともに1,000万円を超える場合などは、1期目から課税事業者になります。さらに、適格請求書発行事業者（インボイス）の登録をすると、登録の日から課税事業者として扱われるため、免税のメリットとの兼ね合いを考えて判断する必要があります。

消費税の納税義務の基本

消費税は、前々事業年度（基準期間）の課税売上高が1,000万円を超えると、納税義務が生じます。設立したばかりの法人には、基準期間がないため、原則として納税義務が免除されます。これが、いわゆる「新設法人の免税期間」です。

ただし、次のいずれかに当てはまると、設立1期目から課税事業者になります。

資本金（または出資金）が1,000万円以上である
特定期間（設立1期目の最初の6か月）の課税売上高が1,000万円を超え、かつ、給与等の支払額が1,000万円を超える場合（判定は、課税売上高または給与等のどちらでも行える仕組み）
基準期間のない法人で、一定の大規模な会社（課税売上高が5億円を超える会社など）が、新たに設立した特定新規設立法人に該当する場合
「課税事業者選択届出書」を提出した場合

特定期間の判定は、売上と給与の基準の定め方が複雑なので、売上が伸びそうな会社は、税理士に確認してください。

資本金1,000万円の境目

資本金を1,000万円以上にすると、設立1期目から課税事業者となり、消費税の申告・納付が必要になります。事業の内容によっては、仕入に伴う消費税の還付を受けられる場合もあるため、課税事業者を選ぶことに合理性がある場合もあります。たとえば、設立当初に設備投資などの大きな仕入があり、売上が少ない場合です。この場合は、「課税事業者選択届出書」を提出して、還付を受ける方法も考えられます。

ただし、一度課税事業者を選ぶと、原則として2年間は免税に戻れない制約があります。また、一定の条件のもとで、高額な資産を取得すると、免税に戻れる期間がさらに延びることがあります。

インボイス制度と登録の判断

2023年10月から、消費税の仕入税額控除を受けるために、適格請求書（インボイス）の保存が必要になる制度が始まりました。インボイスを発行できるのは、税務署に登録申請をして、登録を受けた適格請求書発行事業者だけです。

免税事業者が登録を受けると、登録の日から課税事業者になり、消費税の申告・納付が必要になります。そのため、設立1期目・2期目の免税期間を活かすか、登録するかの判断が必要です。

判断の目安

取引先の状況	登録の考え方
取引先の多くが課税事業者（法人など）で、インボイスを求められる	登録を検討する
取引先が消費者や、免税事業者が中心	登録の必要性は低い場合が多い
設立当初で売上が少なく、免税のメリットが大きい	登録しない選択もある

登録するかどうかは、取引先との関係、事業の内容、納税額の見込みを総合して判断します。

2026年10月時点の注意点：経過措置の変化

インボイス制度には、制度の導入にあわせた経過措置が設けられていました。ここでは、2026年10月時点の状況として、確認しておきたい点を挙げます。

免税事業者からの仕入に対する経過措置：インボイスの登録がない事業者からの仕入について、仕入税額相当額の一定割合を控除できる措置があります。この割合は、段階的に引き下げられ、2026年10月1日からは50%の期間（2029年9月30日まで）に入っているとされています。取引先が免税事業者の場合の仕入側の負担に影響するため、国税庁の最新の案内で確認してください。
2割特例：免税事業者が登録して課税事業者になった場合に、納付税額を売上税額の2割に軽減する特例があります。この特例は、2026年9月30日までの日を含む課税期間までが対象でした。2026年10月以降に設立された法人の課税期間では、原則として利用できない場合が多いと考えられます。対象かどうかは、国税庁の案内で確認してください。

制度の細部は、改正されることがあるため、実際の判断の前に、国税庁の最新の情報か、税理士に確認してください。

消費税の届出

届出書	提出するとき
消費税の新設法人に該当する旨の届出書	資本金1,000万円以上の新設法人
消費税課税事業者選択届出書	免税期間中に、あえて課税事業者になりたいとき
適格請求書発行事業者の登録申請書	インボイスの発行事業者になりたいとき
消費税課税期間特例選択・変更届出書	課税期間を短縮したいとき

提出の期限や条件は、届出ごとに異なります。設立後の届出の全体は、設立後の届出一覧と期限で確認できます。

設立の時期と消費税

設立日（登記申請日）の選び方は、決算月と消費税の期間にも影響します。たとえば、設立日が事業年度の終わりに近いと、1期目が短くなり、免税期間を使える期間が実質短くなる場合もあります。

専門家に相談するタイミング

消費税は、売上の見込み、仕入の額、取引先の構成によって、有利・不利が変わります。設立前に、資本金の額と、インボイスの登録を検討する場合は、税理士に相談して試算してもらうことをおすすめします。

よくある質問

新設法人は、必ず2年間消費税が免税になりますか？

いいえ。資本金が1,000万円以上の場合や、特定期間の売上と給与がともに1,000万円を超える場合などは、1期目から課税事業者になります。

インボイスの登録をしないと、取引先に迷惑がかかりますか？

取引先が課税事業者で、仕入税額控除を受けたい場合は、登録のない事業者との取引で、取引先の負担が増えることがあります。取引先の意向も確認して判断します。

登録後に、やめることはできますか？

登録の取消しを求める届出書を提出することで、やめられます。ただし、提出の時期によって、効力が生じる日が変わります。

参考・公式情報

国税庁 — 消費税の新設法人、インボイス制度、経過措置、2割特例
国税庁インボイス制度特設サイト — 登録事業者の公表サイト
財務省 — 税制改正の情報